Подготовка научно-педагогических и научных кадров в ХГАЭП осуществляется через аспирантуру и систему соискательства.     Аспирантура в академии открыта в 1993 году. В настоящее время подготовка ведётся по 3 отраслям наук, в рамках которых возможно обучение по 10 научным специальностям: 

     Экономические науки

•  «Экономическая теория» (08.00.01)
•  «Экономика и управление народным хозяйством» (08.00.05)
•  «Финансы, денежное обращение и кредит» (08.00.10)
•  «Бухгалтерский учет, статистика» (08.00.12)

     Юридические науки 

• «Конституционное право; муниципальное право» (12.00.02)
• «Гражданское право; предпринимательское право; семейное право; международное частное право» (12.00.03)
• «Уголовное право и криминология, уголовно-исполнительное право» (12.00.08)
• «Административное право, финансовое право, информационное право» (12.00.14)
• «Гражданский процесс; арбитражный процесс» (12.00.15)

     Исторические науки

•  «Отечественная история» (07.00.02)

    Аспиранты и соискатели ХГАЭП имеют право пользоваться лабораториями, оборудованием, кабинетами, библиотеками. Аспиранты очной формы обучения пользуются правом отсрочки призыва в армию на время обучения.     Выпускники  аспирантуры ХГАЭП  обладают  высшей квалификацией, подготовлены к самостоятельной научно-исследовательской и педагогической  деятельности;  имеют широкие фундаментальные знания и глубокую специализированную подготовку; на профессиональном уровне владеют иностранными языками.

• инициативные научные проекты;
• издательских проектов;
• организация и проведение экспедиций;
• научные мероприятия в России;
• участие в зарубежных научных мероприятиях;
• поддержка материально-технический базы исследований;
• международные конкурсы;
• региональные конкурсы;
• электронные библиотеки;
• конкурс научно-популярных статей;
• конкурс молодых ученых;
• конкурс аналитических обзоров;
• ориентированные фундаментальные исследования.